Baseline se refiere a los valores o características de un parámetro al inicio de la investigación.

Hola Carolmar

Entiendo que son 28 cepas tomadas en la visita inicial que tuvieron fracaso virológico. Matching se refiere precisamente a que coinciden las 28 cepas iniciales con las que tuvieron fracaso virológico, pero me parece que no hace falta agregar otra palabra en español.

Pego las explicaciones del Diccionario crítico de dudas inglés-español de medicina de Navarro para baseline y isolate

baseline. 1 Evítense tanto el anglicismo "baseline" como los calcos "línea basal" y "línea de base", que pueden traducirse, según el contexto, por: valores de referencia, valores iniciales, punto de partida, situación inicial, punto de comparación, valor de referencia o, sencillamente, inicial o basal.

isolate. [Micr.] Esta palabra se utiliza con mucha frecuencia en los últimos tiempos para designar una cepa bacteriana obtenida en cultivo puro por aislamiento a partir de una fuente mixta (p. ej.: una muestra clínica); en inglés se formó por abreviación a partir de isolate strain; en español, por motivos de precisión y claridad, parece lógico conservar el sustantivo básico ('cepa') y no abreviar la expresión a "aislado". En la mayoría de los casos puede traducirse por cepa clínica. Δ