По-моему, здесь налицо явная ошибка, должно быть
decrease the stain/buffer time (т.е. меньше держим в красителе, а дольше промываем буфером).

Авторы мануала явно неправильно выразились. Поскольку перед этим разъяснением в скобках написано "and the amount of buffer increased", то как раз имеется в виду, что в соотношении "время нахождения препарата в красителе/время нахождения препарата в буфере" должно быть увеличено время нахождения препарата в буфере (т.е. знаменатель дроби).

Другой возможный вариант - что имелось в виду не time, а ratio (т.е. разведение красителя буфером, скажем, не 1:10, а 1:15). В этом случае тоже увеличивается знаменатель дроби, но в целом дробь уменьшается, а не увеличивается.

Но только именно таким образом можно избежать эффекта избыточного окрашивания, так что, повторю: налицо либо ошибка, либо неправильный перевод на английский с другого языка.